El Conjunto Monumental de San Juan de Dios fue inaugurado el 24 de mayo de 2010, y es un museo anexo del MuBAM. Está integrado por tres elementos expositivos claramente diferenciados: por una parte la propia iglesia barroca de San Juan de Dios; por otra, el coro de la misma en el que se exhibe gran parte del legado del escultor murciano Juan González Moreno, y en tercera instancia, los restos arqueológicos ubicados en el subsuelo del Conjunto que constituyen un interesante testimonio del antiguo Alcázar musulmán de Murcia. Es, por todo ello, un espacio singular y de alto valor simbólico para la ciudad, en el cual se aúnan y exponen culturas y manifestaciones artísticas distintas (lo islámico y lo cristiano). El museo reúne la peculiaridad de ser sede canónica de dos cofradías de semana santa: la del Cristo de la Salud, que desfila el Martes Santo, y la del Cristo Yacente y la Virgen de la Luz en su Soledad, que desfila el Sábado de Gloria.
El museo ha debido hacer frente a las distintas exigencias de la vida y prácticas contemporáneas, así como a las variadas expectativas de los diversos grupos sociales. Fruto de esta planificación estratégica surgió la ampliación del MUBAM, y la incorporación del Conjunto Monumental San Juan de Dios en el año 2010, así como también la creación del Centro de Estudios de Museología de la CARM en el año.